Hola Carlos,
que funcione un módulo en una versión no significa que funcione en una diferente. Sobre todo en contabilidad que han habido nuevas funcionalidades, cambios en funcionalidades existentes, etc.
No pongo en duda que el módulo esté perfecto 100%, pero si se empieza la pregunta por "módulo externo" sin saber toda la funcionalidad de este, es complejo imaginar como realiza esa funcionalidad, ya que puede estar realizada de maneras diversas. Por eso os he indicado que lo mejor es que lo habléis con un implantador para que os pueda revisar el caso en concreto y daros una correcta solución.

Un saludo,

Entiendo la complejidad y seguiremos con la investigación.
La funcionalidad del módulo es leer de una BBDD para coger los datos de las nóminas a contabilizar y posteriormente se crea un account.move añadiendo en account.move.line cada uno de los datos de las nóminas (640, 642, 460, 4571, 465...), pero en algún momento, nos añade las dos últimas líneas (572998 y 4571 nuevamente aunque ya la añadimos en el proceso).
Muchas gracias.

Como puedes entender, es difícil adivinar cual es el motivo por el que te está pasando. Yo te recomendaria entonces de buscar a un implantador.

Seguiremos investigando sobre el caso y lo haremos publico en el momento en que lo encontremos por si le pasa a alguien más.
Muchas gracias por la respuesta y por la rapidez de esta.